La bioinformatique au service de la métabolomique spatiale

Charles Pineau et la plate-forme Protim (Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail) sont impliqués dans METASPACE, projet européen H2020, dont l’objectif est de rendre possible la métabolomique spatiale non ciblée pour la recherche translationnelle et les applications cliniques.

La bioinformatique au service de la métabolomique spatiale
  1. Objectif du projet
  2. Problématique du projet
  3. Dimension internationale
  4. Carte d'identité du projet

Objectif du projet

Le consortium METASPACE ambitionne de développer de nouveaux outils bioinformatiques et de démontrer leur potentiel dans le cadre d’études variées en médecine humaine personnalisée, médecine de précision et suivi de la qualité de vie dans plusieurs affections chroniques. Les partenaires du projet développent un moteur Open-Source en ligne appelé METASPACE dédié à la métabolomique spatiale utilisant l’imagerie par spectrométrie de masse. METASPACE sera un outil support pour les équipes de recherche fondamentales et cliniques qui réalisent des études de métabolomique tridimensionnelle.

Spectromètre de Masse FT-ICR SolariX XR 7 Tesla (Bruker Daltonics)

Le projet Metaspace est rendu possible grâce aux données produites par le spectromètre de masse FT-ICR SolariX installé sur la plate-forme Protim sur le Campus de Beaulieu.

Problématique du projet

  1. À ce jour, il n’existe aucun algorithme permettant l’annotation automatique des images moléculaires générées en imagerie par spectrométrie de masse ;
  2. Seuls des algorithmes innovants reposant sur les concepts de gestion des Big Data permettront de traduire rapidement des millions d'images d'ions en des centaines d'images moléculaires ;
  3. Il est indispensable de concevoir un outil Open Source, libre d’accès et pouvant être déployé par les utilisateurs sur un poste de travail, un cluster ou sur un Cloud.

Les travaux sont répartis en trois étapes pour délivrer des annotations moléculaires métabolomiques précises : le calcul du score Metabolite-Signal-Match, l'estimation du taux de faux positifs (FDR) et l'annotation à FDR contrôlé.

Dimension internationale

Le consortium du projet réunit des partenaires de 5 pays et une organisation intergouvernementale :

  • Theodore Alexandrov, EMBL
  • Lennart Martens, VIB
  • Chris Steinbeck, EMBL-EBI
  • Zoltan Takats et Kirill Veselkov, ICL
  • Pieter Dorrestein, UCSD
  • Charles Pineau, UR1
  • Dennis Trede, SCILS
  • Oliver Panzer, ERS

Carte d'identité du projet

Projet européen METASPACE – Programme HORIZON 2020

Nom du Responsable scientifique : Charles PINEAU
Laboratoire / UMR : Protim - Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail -
UMR INSERM 1085
Durée du projet : Du 01/07/15 au 30/06/18 (3 ans)